“กองทุนพัฒนาแพทยศาสตร์” เป็นกองทุนที่คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล จัดตั้งขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. 2534 โดยมีวัตถุประสงค์ในการพัฒนาการจัดการศึกษาแพทยศาสตร์ของคณะฯ ในรูปแบบต่างๆ เพื่อให้ได้แพทย์ที่มีความรู้ ความสามารถ มีคุณธรรมและสร้างคุณประโยชน์ให้กับการแพทย์และการสาธารณสุขของประเทศ ในการดำเนินการของกองทุนดังกล่าว คณะฯ ใช้เงินรายได้ของคณะฯ จัดสรรเข้ากองทุนมาโดยตลอด