“กองทุนพัฒนาแพทยศาสตร์” เป็นกองทุนที่คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล จัดตั้งขึ้นตั้งแต่    พ.ศ. 2534 โดยมีวัตถุประสงค์ในการพัฒนาการจัดการศึกษาแพทยศาสตร์ของคณะฯ ในรูปแบบต่างๆ เพื่อให้ได้แพทย์ที่มีความรู้ ความสามารถ มีคุณธรรมและสร้างคุณประโยชน์ให้กับการแพทย์และการสาธารณสุขของประเทศ ในการดำเนินการของกองทุนดังกล่าว  คณะฯ ใช้เงินรายได้ของคณะฯ จัดสรรเข้ากองทุนมาโดยตลอด