การแพทย์แผนไทยเป็นภูมิปัญญาซึ่งบรรพบุรุษของไทยได้สั่งสมสืบทอดกันมายาวนาน มีความพยายามในการธำรงรักษาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทยของชาติมาตั้งแต่อดีต ตัวอย่างเช่น พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ประชุมหมอหลวงและหมอเชลยศักดิ์ เพื่อรวบรวมตำรายาที่ดีและจารึกไว้ในแผ่นหินประดับไว้ตามผนังศาลารายวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม และวัดราชโอรสาราม เป็นต้น

ศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ ปรมาจารย์ท่านหนึ่งของคณะแพทย ศาสตร์ศิริราชพยาบาล ผู้มีวิสัยทัศน์กว้างไกลและเห็นคุณค่าของการ แพทย์แผนไทย ได้อุทิศตนด้วยความมุ่งมั่นและเสียสละเพื่อพัฒนาการแพทย์แผนไทย ที่สำคัญคือได้วางปรัชญาซึ่งนับเป็นรากฐานในการพัฒนาการแพทย์แผนไทยยุคใหม่ เรียกว่า การแพทย์แผนไทยประยุกต์  คือการนำความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และวิทยาศาสตร์การแพทย์เข้ามาประยุกต์เพื่ออธิบายและพัฒนาการแพทย์แผนไทย

เมื่อปีพ.ศ.๒๕๒๓ ศาสตราจารย์นายแพทย์อวย เกตุสิงห์ได้ตั้งมูลนิธิฟื้นฟูส่ง เสริมการแพทย์ไทยเดิมในพระราชูปถัมภ์สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราช กุมารี และในพระสังฆราชูปถัมภ์สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปริณายก ต่อมาในปีพ.ศ.๒๕๒๕ มูลนิธิฯได้เปิด โรงเรียนอายุรเวทวิทยาลัย (ชีวกโกมารภัจจ์) จัดการเรียนการสอนหลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์ตามปรัชญาและแนวคิดดังกล่าว และเปิดสถานพยาบาลบวรนิเวศโบราณเวชกรรมขึ้นเมื่อพ.ศ.๒๕๒๗ เพื่อให้บริการดูแลรักษาผู้ป่วยและเป็นแหล่งศึกษาฝึกปฏิบัติของนักศึกษา นอกจากนี้ยังจัดให้มีการผลิตยาสมุนไพรตามตำรับของโรงเรียนเพื่อใช้ในการดูแลรักษาผู้ป่วยด้วย ต่อมาในปีพ.ศ.๒๕๔๒ ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น โรงเรียนอายุรเวท

คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล  มหาวิทยาลัยมหิดล  ได้รับโอนย้ายโรงเรียนอายุรเวท รวมทั้งคลินิกอายุรเวทฯและหน่วยผลิตยาและผลิตภัณฑ์จากสมุนไพร เข้ามาเป็นหน่วยงานสังกัดคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เมื่อวันที่ ๑๙ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๖ และได้จัดตั้งหน่วยงานเทียบเท่าภาควิชาขึ้นคือ สถานการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ทำหน้าที่รับผิดชอบกำกับดูแลการดำเนินกิจการของโรงเรียนอายุรเวทที่รับโอนมา ได้ปรับหลักสูตรเดิมซึ่งเป็นการศึกษาระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูงให้ เป็นระดับปริญญาตรี เรียกว่า หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต และเมื่อปีพ.ศ.๒๕๕๐ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯพระราชทานนามโรงเรียนอายุรเวทให้ใหม่ว่า โรงเรียนอายุรเวทธำรง อันมีความหมายว่า โรงเรียนที่ธำรงไว้ซึ่งความรู้ทางด้านอายุรเวท

สถานการแพทย์แผนไทยประยุกต์ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลได้วางหลักการและแนวทางในการพัฒนาการแพทย์แผนไทยไว้ว่า เพื่อให้การแพทย์แผนไทยมีความยั่งยืน และสามารถนำมาประยุกต์ใช้ในระบบสุขภาพของประเทศได้อย่างกว้างขวาง จำเป็นต้องดำเนินการพัฒนาภารกิจหลักที่สำคัญ ๓ ด้านไปพร้อมๆกัน กล่าวคือ

• พัฒนาการจัดการศึกษา โดยการปรับปรุงมาตรฐานการจัดการเรียนการสอนเพื่อให้ผู้สำเร็จการศึกษามีความรู้ความสามารถในการทำเวชปฏิบัติการแพทย์แผนไทย
• พัฒนาการให้บริการทางด้านการแพทย์แผนไทย เพื่อให้สามารถผสม ผสานกับระบบบริการสุขภาพของประเทศ มีคุณภาพน่าเชื่อถือ ปลอดภัย และเป็นที่นิยมของประชาชน

จัดการองค์ความรู้ ด้วยการรวบรวมและวิจัยพัฒนา เพื่อให้ความรู้ในศาสตร์การแพทย์แผนไทยมีความชัดเจนเป็นที่ประจักษ์